Cụ thể, việc thực hiện và định hướng triển khai các dự án đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị trên địa bàn Hà Nội theo quy hoạch của Thủ tướng Chính phủ đã được UBND TP.Hà Nội và Bộ GTVT cơ bản thống nhất.

Giai đoạn từ nay đến năm 2035 và tầm nhìn đến năm 2050, hệ thống đường sắt quốc gia trên địa bàn Hà Nội sẽ được thực hiện theo mô hình hướng tâm và tiếp cận đến các đường vành đai.

Đáng chý ý, các trục hướng tâm Hà Nội sẽ kết nối trực tiếp với đường vành đai. Vì vậy các tuyến đường sắt quốc gia không tổ chức đi xuyên tâm thành phố.

Với mạng lưới đường sắt trên trục Bắc - Nam, Bộ GTVT đã thống nhất với UBND TP.Hà Nội về hướng tuyến và ga đầu mối.

Mở rộng tổ hợp nhà ga Ngọc Hồi (huyện Thanh Trì) để vừa tích hợp nhà ga, vừa là khu depot, trạm bảo dưỡng của cả các tuyến đường sắt quốc gia, đường sắt tốc độ cao, đường sắt đô thị,...

Bên cạnh đó tuyến đường sắt tốc độ cao chỉ dừng ở ga Ngọc Hồi mà không đi vào ga Hà Nội.

Hệ thống đường sắt đô thị nội đô sẽ kết nối các đô thị trung tâm với các đô thị vệ tinh, bố trí thêm các tuyến dọc các hành lang có mật độ dân cư đông, tập trung việc làm cũng như các dịch vụ thương mại, với các đầu mối giao thông như cảng hàng không, ga đường sắt lớn.

Ga Hà Nội cũng sẽ được xây dựng theo hướng ga cao tầng và trở thành ga nội đô, có nhiệm vụ là nhà ga kết nối, trung chuyển khách cho các tuyến đường sắt đô thị.

Từ nay đến năm 2035, Hà Nội sẽ thực hiện và hoàn thành 10 tuyến đường sắt đô thị. Trong đó ga Hà Nội là ga tiếp nhận, vận chuyển khách chính của các tuyến đường sắt đô thị Nhổn - ga Hà Nội (tuyến số 3), tuyến Ngọc Hồi - Yên Viên (tuyến số 1).

Ngoài ra mạng lưới 8 tuyến đường sắt gồm: Cát Linh - Hà Đông - Xuân Mai (tuyến số 2A); Nội Bài - Nam Thăng Long - Bờ Hồ (tuyến số 2); Mê Linh - Vĩnh Tuy - Thượng Đình (tuyến số 4); Văn Cao - Hòa Lạc (tuyến số 5); Nội Bài - Ngọc Hồi (tuyến số 6); Mê Linh - Nhổn - Dương Nội (tuyến số 7); Sơn Đồng - Mai Dịch - Lĩnh Nam (tuyến số 8); Sơn Tây - Hòa Lạc - Xuân Mai (tuyến số 9); ga Hà Nội sẽ là ga vận chuyển, kết nối.