Theo đó, với ưu thế kênh rạch đa dạng, Cần Thơ sẽ ưu tiên đẩy mạnh phát triển hệ thống đường thủy nội địa. Quy hoạch định hướng sẽ nâng cấp, cải tạo các tuyến đường thủy nội địa lớn quan trọng của thành phố và nạo vét, duy tu, mở rộng các tuyến đường thủy nội địa còn lại để tăng cường vai trò vận tải thủy trên địa bàn các quận, huyện.

Trong đó, Cần Thơ sẽ ưu tiên phát triển 9 tuyến đường thủy nội địa lớn, trọng điểm do cấp thành phố quản lý với tổng chiều dài 125km, bao gồm: sông Ba Láng, có điểm đầu tại sông Cần Thơ (Vàm Ba Láng) và điểm cuối tại kênh Trầu Hôi (quận Cái Răng); Rạch Phong Điền (sông Cần Thơ), có điểm đầu từ ngã ba Vàm Xáng, điểm cuối tại rạch Cầu Nhiếm); Rạch Cầu Nhiếm, có điểm đầu tại ngã 3 rạch Cầu Nhiếm (huyện Phong Điền) và điểm cuối tại thị trấn Thới Lai; sông Trà Nóc, có điểm đầu tại sông Hậu (quận Bình Thủy), điểm cuối tại sông Cần Thơ (quận Ô Môn); Kênh Thốt Nốt, có điểm đầu tại sông Hậu (quận Thốt Nốt) và điểm cuối tại kênh Ranh Hạt - Kiên Giang.

Ngoài ra, còn có tuyến Kênh Xáng Ô Môn (kênh Bà Đầm), có điểm đầu tại sông Ô Môn (huyện Thới Lai) và điểm cuối tại kênh Ranh Hạt - Kiên Giang; Kênh KH8 với điểm đầu tại sông Cần Thơ, điểm cuối tại ranh - Kiên Giang; Kênh Bốn Tổng với điểm đầu tại kênh Cái Sắn, điểm cuối tại kênh Thốt Nốt và tuyến Kênh Đứng có điểm đầu tại sông Ô Môn, điểm cuối tại kênh Thốt Nốt.

Ngoài ra, các tuyến đường thủy nội địa do Trung ương quản lý sẽ thực hiện theo Quy hoạch kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và các quy hoạch, kế hoạch có liên quan.

Cùng với sự phát triển của hệ thống giao thông thủy, Cần Thơ cũng sẽ quy hoạch, xây dựng các cảng thủy nội địa hàng hóa lớn, trọng điểm trên sông Hậu, kênh Xà No, kênh Cái Sắn, sông Ô Môn, kênh Thị Đội - Ô Môn.

Trong đó các hệ thống cảng thủy nội địa hàng hóa lớn, trọng điểm được thành phố ưu tiên phát triển gồm: Cụm cảng thủy nội địa hàng hóa trên sông Hậu (dự kiến xây dựng tại các quận Cái Răng, Ninh Kiều, Bình Thủy, Ô Môn, Thốt Nốt); Cụm cảng thủy nội địa hàng hóa trên Kênh Xà No (huyện Phong Điền); Cụm cảng thủy nội địa hàng hóa trên Kênh Cái Sắn (kênh Rạch Sỏi - Hậu Giang) với vị trí dự kiến tại quận Thốt Nốt, huyện Vĩnh Thạnh.

Ngoài ra, Cần Thơ cũng phát triển các cảng thủy nội địa hành khách lớn, trọng điểm trên sông Hậu, sông Cần Thơ và một số tuyến khác. Các cảng có vị trí dự kiến tại các quận Ninh Kiều, Cái Răng, Bình Thủy, Ô Môn, Thốt Nốt, huyện Phong Điền. Cùng với đó là các tuyến buýt đường thủy gắn với các cảng, bến trên sông Hậu, sông Cần Thơ và một số tuyến khác.

Tuy nhiên, Cần Thơ cần lưu ý việc đầu tư các dự án bến, cảng thủy nội địa trên địa bàn thành phố Cần Thơ phải phù hợp với Quy hoạch kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và các quy hoạch, kế hoạch có liên quan.