Theo đó, Cục thuế TP Hà Nội đã tiến hành thanh tra Công ty Cổ phần Đầu tư Xây dựng Phương Thành (Công ty Phương Thành, địa chỉ D3 Nơ 15 Khu đô thị mới Định Công, phường Định Công, quận Hoàng Mai, TP Hà Nội) từ ngày 9/10/2024 đến 28/10/2024. Qua đó, đơn vị thanh tra đã phát hiện công ty này đã có nhiều sai phạm trong hoạt động kê khai, hạch toán và sử dụng hóa đơn.

Cụ thể, trong công tác chấp hành pháp luật thuế, Công ty Phương Thành đã kê khai không đúng thời điểm phát sinh đối với doanh thu tính thuế GTGT với mức thuế suất 10%, cũng như doanh thu không tính thuế. Bên cạnh đó, công ty này còn khấu trừ thuế GTGT hàng hóa, dịch vụ đầu vào từ các hóa đơn của những đơn vị mà cơ quan thuế xác định không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Ngoài ra, Công ty Phương Thành chưa phân bổ thuế GTGT hàng hóa, dịch vụ đầu vào tương ứng với doanh thu không chịu thuế; chưa điều chỉnh giảm thuế GTGT hàng hóa, dịch vụ đầu vào theo giá vốn điều chỉnh giảm và khoản phải trả quá hạn chưa thanh toán. Những tồn tại này đã vi phạm các quy định xác định doanh thu, thuế GTGT hàng hóa, dịch vụ bán ra và nguyên tắc, điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định của Bộ Tài chính.

Không chỉ vi phạm trong lĩnh vực thuế GTGT, Công ty Phương Thành còn mắc nhiều sai sót liên quan đến thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Doanh nghiệp đã hạch toán sai thời điểm đối với doanh thu tính thuế TNDN, kê khai thiếu doanh thu từ hoạt động tài chính và ghi nhận sai chi phí đối với các hóa đơn mua vào từ những đơn vị không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Các sai phạm khác bao gồm việc hạch toán thiếu chi phí giá vốn, không đủ hồ sơ chứng từ theo quy định, và không điều chỉnh giảm giá vốn tương ứng với doanh thu đã điều chỉnh giảm. Đồng thời, công ty cũng chưa tăng thu nhập khác từ các khoản phải trả không xác định được đối tượng.

Kết luận thanh tra khẳng định những sai phạm này vi phạm các quy định tại Điều 5 và Điều 7 về xác định doanh thu, thu nhập tính thuế TNDN, cũng như Điều 6 về các khoản chi không được trừ, theo Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014, sửa đổi bởi Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính.

Về việc sử dụng hóa đơn, công ty bị phát hiện chưa xuất hóa đơn khi cung cấp hàng hóa, dịch vụ trong kỳ, vi phạm nguyên tắc lập hóa đơn theo Nghị định số 123 của Chính phủ. Ngoài ra, công ty đã xuất hóa đơn sai thời điểm đối với doanh thu hoàn thành trong năm, vi phạm quy định tại Điều 9 của Nghị định số 123. Đặc biệt, khi rà soát hóa đơn mua vào năm 2023, cơ quan thuế xác định doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT và ghi nhận chi phí sản xuất kinh doanh từ 37 hóa đơn của các đơn vị không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, làm gia tăng rủi ro về hóa đơn.

Trước những vi phạm trên, Cục Thuế TP Hà Nội đã yêu cầu Công ty Phương Thành nộp bổ sung số tiền thuế truy thu, tiền phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp với tổng số tiền lên tới hơn 4,17 tỷ đồng. Quyết định này nhằm đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật trong hoạt động tài chính của doanh nghiệp.