Có 9 bị cáo bị đưa ra xét xử tại vụ án này; trong đó có 5 bị cáo là cựu cán bộ, lãnh đạo của Bộ Y tế, gồm: Cao Minh Quang (SN 1956, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế), Dương Huy Liệu (SN 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế), Nguyễn Nam Liên (SN 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, Phó Trưởng ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế), Phạm Thị Minh Nga (SN 1972, chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế) và Nguyễn Việt Hùng (SN 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế). Các bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 285, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 1999.
Cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang.
Bốn bị cáo còn lại gồm: Lương Văn Hóa (SN 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Thanh Tòng (SN 1959, cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (SN 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long), Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (SN 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo quy định tại Điều 356, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, thực hiện kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống dịch cúm A(H5N1) tại Việt Nam của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở thông báo giá thành sản xuất thuốc Oseltamivir của Bộ Tài chính, Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long (viết tắt là Công ty CPDP Cửu Long) sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các Hợp đồng kinh tế.Về nguyên tắc, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định. Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng với động cơ vụ lợi, Lương Văn Hóa đã lợi dụng, chức vụ quyền hạn chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải hạch toán trái nguyên tắc kế toán; chỉ đạo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa lập thư giãn nợ để che giấu việc kiểm tra, thanh tra; đồng thời chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu 3.848.000 USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Các bị cáo: Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga được giao nhiệm vụ ký kết, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng sản xuất thuốc giữa Bộ Y tế và Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long, quá trình thực hiện hợp đồng và khi thanh lý hợp đồng đã không xem xét, kiểm tra việc thực hiện điều khoản đàm phán, giảm giá mua nguyên liệu được quy định trong hợp đồng (không kiểm tra chứng từ thanh toán mua nguyên liệu; không yêu cầu báo cáo việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá).
Cáo trạng xác định, bị cáo Cao Minh Quang được giao nhiệm vụ chỉ đạo định kỳ kiểm tra, đánh giá, tổng hợp tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ theo Quyết định số 92/QĐ-BYT ngày 11/1/2008, nhưng bị cáo Cao Minh Quang đã thiếu trách nhiệm không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao, không chỉ đạo kiểm tra để làm rõ số tiền 3.848.000 USD Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu nên không phát hiện được Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long đã giữ lại gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Thành Nhân
