27 đội bóng được chia vào 5 bảng căn cứ theo khu vực địa lý. Cụ thể như sau: Bảng A do Trung tâm Thể thao Viettel đăng cai tổ chức gồm 06 đội: Công an Nhân dân, Hà Nội, Hải Phòng, PVF, Quảng Ninh, Viettel. Bảng B do Đoàn bóng đá Huế đăng cai tổ chức gồm 05 đội: Nam Định, SHB Đà Nẵng, Sông Lam Nghệ An, Thanh Hóa, TT- Huế. Bảng C do Công ty cổ phần thể thao Hoàng Anh Gia Lai đăng cai tổ chức, gồm 05 đội tham dự: Đắk Lắk, Hoàng Anh Gia Lai, Khánh Hòa, Phú Yên và Quảng Nam.

Bảng D do Công ty cổ phần đầu tư thương mại dịch vụ Lê Vũ (Trung tâm thể dục thể thao Thành Long) đăng cai tổ chức gồm 06 đội: Becamex Bình Dương, Bình Phước, Đồng Nai, Hallmen TP. Hồ Chí Minh, Tây Ninh và Bình Thuận. Bảng E do Trung tâm Thể dục thể thao Thống Nhất, gồm 05 đội: An Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, Long An, Sài Gòn.

Các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt (lượt đi- lượt về) tính điểm xếp hạng, chọn ra 8 đội có thành tích tốt nhất vào thi đấu tại VCK (gồm 5 đội xếp thứ nhất và 2 hoặc 3 đội thứ nhì có điểm và các chỉ số cao hơn).

Do số đội tại các bảng không bằng nhau nên khi so sánh chỉ số giữa các đội thứ nhì, BTC giải sẽ không tính kết quả của các trận đấu giữa đội xếp thứ nhì gặp các đội xếp cuối tại các bảng có số đội nhiều hơn, sao cho số trận đấu của các đội xếp thứ nhì giữa các bảng khi so sánh là bằng nhau.

VCK U17 Quốc Gia sẽ là cuộc cạnh tranh của 8 đội đã vượt qua vòng loại và được chia đều vào 2 nhóm A và B, thi đấu vòng tròn 1 lượt ở mỗi nhóm để tính điểm xếp hạng. Hai đội nhất- nhì tại mỗi nhóm vào thi đấu bán kết. Hai đội thắng tại bán kết vào chung kết tranh ngôi vô địch, hai đội thua tại bán kết xếp đồng giải Ba.

Các trận đấu của vòng loại sẽ kết thúc vào ngày 22/6. Vòng chung kết dự kiến từ ngày 29/6 đến 9/7/2019. Địa điểm tổ chức VCK sẽ được BTC thông báo sau. 

Dương Lâm