Thứ nhất, phương pháp mà các tổ chức tư vấn định giá sử dụng để xác định giá trị doanh nghiệp phục vụ mục đích cổ phần hóa phải thực hiện theo quy định của pháp luật về chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thành công ty cổ phần. Tuy nhiên, theo quy định tại các văn bản này thì các phương pháp thẩm định giá mà tổ chức tư vấn định giá được áp dụng có độ mở cao dẫn đến việc lựa chọn phương pháp thẩm định giá, cách thức tiến hành phụ thuộc vào lập luận, đánh giá của các tổ chức tư vấn định giá; người sử dụng kết quả thẩm định giá và các bên liên quan, trong đó có cơ quan quản lý nhà nước khó có thể khẳng định được các lập luận này là hợp lý hay không hợp lý.
Thứ hai, theo quy định của Nghị định số 59/2011/ NĐ-CP, tổ chức tư vấn định giá có thể là doanh nghiệp thẩm định giá, công ty chứng khoán, công ty kiểm toán. Về nguyên tắc, hoạt động chuyên môn của các công ty này chịu sự kiểm tra, giám sát của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành thẩm định giá, chứng khoán, chế độ kế toán, kiểm toán. Nhưng, việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa mang tính đặc thù, chịu sự điều chỉnh của pháp luật về chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thành công ty cổ phần do cơ quan quản lý các doanh nghiệp nhà nước tham mưu ban hành,do đó, việc kiểm tra về mặt chuyên môn liên quan đến hoạt động xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hóa gặp nhiều khó khăn.