Từ ngày 1/7/2016 đến trước ngày 1/2/2018, tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế có quy định như sau: “Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đổi với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn”.

Từ ngày 1/2/2018, Khoản 2 Điều 1 Nghị định số 146/2017/NĐ-CP ngày 15/12/2017 của Chính phủ sửa đổi, bồ sung một số điều của Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 và Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định:

“Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đôi với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hỏa, dịch vụ xuất khẩu bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khẩu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thế hiện tại.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khâu mà hàng hóa xuất khẩu đó không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan; hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định, của pháp luật về hải quan.

Cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khâu không bị xử lý đối với hành vi buôn lậu vận chuyên trái phép hàng hoá qua biên giới, trốn thuế, gian lận thuế gian lận thương mại trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bàn hướng dẫn thi hành.”

Căn cứ quy định nêu trên, từ ngày 1/7/2016 đến trước ngày 1/2/2018, cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu. Từ ngày 1/2/2018, cơ sở kinh doanh thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 1 Nghị định số 146/2017/NĐ-CP.

PV