Cụ thể như Lào Cai, Hà Giang, riêng Nam Định có 07 đơn vị khai thác khoáng sản, 05 đơn vị khai thác tài nguyên nước; Thừa Thiên Huế có 09 doanh nghiệp khai thác khoáng sản; Thái Bình có 13 doanh nghiệp khai thác tài nguyên nước, trong đó 09 trường hợp đã được nêu trong Báo cáo kiểm toán năm 2018 nhưng đến nay chưa được khắc phục.

Đặc biệt, việc khai thác khoáng sản chưa có giấy phép của cơ quan có thẩm quyền diễn ra ở nhiều địa phương như Thành phố Hải Phòng (CCT khu vực Vĩnh Bảo - Tiên Lãng có 03 doanh nghiệp khai thác nước; Tỉnh Nghệ An (huyện Đô Lương 15 doanh nghiệp; Quỳ Hợp 03 doanh nghiệp; Tân Kỳ 02 doanh nghiệp); Tiền Giang (một số đơn vị khai thác tài nguyên nước đã kê khai nộp thuế tài nguyên); Hà Giang (03 đơn vị khai thác tài nguyên nước); Bắc Giang (huyện Hiệp Hòa 03 đơn vị); Đắk Lắk (huyện Krong Pắc: Các đơn vị và hộ cá nhân khai thác đất sét làm gạch); Thái Nguyên (09 đơn vị); Thanh Hóa (05 đơn vị đã kê khai, nộp thuế tài nguyên).

Ngoài ra, Kiểm toán Nhà nước còn chỉ rõ tại Nam Định có 05 đơn vị với 05 mỏ khoáng sản; 01 đơn vị khai thác tài nguyên nước giấy phép đã hết hạn.

Ở một số địa phương chưa xác định, nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; chưa thực hiện thanh tra, kiểm tra để xử lý theo quy định đối với các trường hợp khai thác khoáng sản vượt công suất; doanh nghiệp chưa thực hiện nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản song Bộ TN&MT và UBND tỉnh chưa thực hiện rà soát, xem xét thu hồi giấy phép khai thác khoáng sản theo quy định (tỉnh Bình Phước); chưa thực hiện đấu giá quyền khai thác khoáng sản theo quy định, cho phép chuyển nhượng mỏ khai thác khoáng sản khi không đủ điều kiện chuyển nhượng, chưa thu hồi mỏ đã cấp phép khi quá thời hạn không xây dựng mỏ, khai thác khoáng sản ngoài phần diện tích nhà nước cho thuê (tỉnh Đồng Nai); chưa ban hành đầy đủ tỷ lệ quy đổi khoáng sản nguyên khai để có căn cứ xác định phí bảo vệ môi trường (tỉnh Thái Nguyên).