Theo đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND Thành phố Hồ Chí Minh tổ chức kiểm điểm, xác định trách nhiệm và xử lý theo thẩm quyền đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm (tại các khu công nghiệp, đô thị) đã nêu trong Kết luận thanh tra.

Trường hợp vượt thẩm quyền hoặc có dấu hiệu hình sự thì báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, xử lý theo quy định.

Kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân, tổ chức liên quan đến các vi phạm trong việc chỉ định các nhà đầu tư dự án không qua đấu giá được phát hiện qua thanh tra. Trong quá trình thực hiện, nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để xử lý theo quy định của pháp luật...

Về xử lý kinh tế, theo Thanh tra Chính phủ, tổng số tiền và nhà, đất qua thanh tra phát hiện cần kiến nghị xử lý là: 2.054,23 tỷ đồng; 6.037.829,5 USD và 463.964,24 m2 đất. Trong đó, thu hồi về ngân sách Nhà nước là 17,629 tỷ đồng.

UBND Thành phố chủ trì xem xét, xử lý theo thẩm quyền hoặc đề xuất xử lý theo quy định của pháp luật đối với: 2.036,601 tỷ đồng; 6.037.829,5 USD và 463.964,24 m2 đất.

Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo TP Hồ Chí Minh rà soát, tổng hợp những hạn chế, tồn tại, bất cập của các cơ chế, chính sách, quy trình và quy định của UBND Thành phố trong việc xác định giá cho thuê, giao nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước, xác định nghĩa vụ nộp tiền thuê đất, ký hợp đồng thuê đất đối với đất giao cho doanh nghiệp nhà nước quản lý, sử dụng, thực hiện dự án... kiến nghị cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung quy định để kịp thời tháo gỡ những vướng mắc, tồn tại trong quá trình thực hiện quản lý đất đai và đầu tư xây dựng.

UBND Thành phố chủ trì phối hợp với Bộ Quốc phòng, Ngân hàng Nhà nước... rà soát, xử lý các khuyết điểm, vi phạm qua thanh tra đã phát hiện đối với các khu công nghiệp, đô thị và việc chuyển đổi mục đích sử dụng một số khu đất công có vị trí đắc địa sang mục đích khác được nêu trong Kết luận thanh tra, tránh thất thoát tài sản của Nhà nước.

Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì phối hợp với Bộ Tài chính thực hiện rà soát và xử lý để có hướng dẫn thực hiện đảm bảo sự thống nhất trong việc xác định, phê duyệt giá trị tiền sử dụng đất đối với các dự án về việc cho khấu trừ 10% VAT trong giá trị ước tính tổng doanh thu thuần chưa phù hợp với các quy định về thuế Giá trị gia tăng, làm giảm tương ứng giá trị tiền sử dụng đất phải nộp cho ngân sách Nhà nước.

Giao Bộ Tài chính chủ trì: Kiểm tra, rà soát để có biện pháp xử lý phù hợp, đúng quy định của pháp luật, tránh thất thoát tài sản của nhà nước đổi với 02 dự án (gồm: Dự án tại số 1874, 187H, 193, 203 Trần Hưng Đạo, phường Cô Giang, Quận 1 do Tập đoàn Vạn Thịnh phát làm chủ đầu tư và Dự án số 39 39B Bến Vân Đồn, phường 12, Quận 4 do Công ty Nova Phúc Nguyên làm chủ đầu tư). Trong đó có nội dung liên quan đến việc chuyển nhượng vốn góp và phương án xử lý, sắp xếp nhà đất trước đó. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện dấu hiệu hình sự, gây thất thoát tài sản nhà nước thì kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật...