Theo cáo trạng, thực hiện quy định của Nhà nước về đấu thầu thuốc, từ năm 2008 đến năm 2010, UBND tỉnh Gia Lai giao cho Sở Y tế tổ chức đấu thầu tập trung những loại thuốc có nhu cầu sử dụng thường xuyên, ổn định và có số lượng lớn cho tất cả các cơ sở y tế công lập trên địa bàn tỉnh. Từ đó, các cơ sở y tế công lập căn cứ kết quả đấu thầu này để ký kết hợp đồng mua thuốc theo nhu cầu của năm.

Để tiến hành hoạt động đấu thầu thuốc, ông Phùng Xuân Quýnh, Giám đốc Sở Y tế thời điểm này đã có Quyết định thành lập tổ chuyên gia đấu thầu thuốc theo từng năm.

Năm 2008, tổ chuyên gia gồm các thành viên Đặng Đức Châu (Tổ trưởng), Rơ Mah PLIH, Phan Minh Hiếu, Lê Khánh Lân, Đoàn Cường và Nguyễn Thị Kim Liên. Năm 2009, gồm Nguyễn Công Nhân (Tổ trưởng), Đặng Đức Châu, Lê Khánh Lân, Phan Minh Hiếu và Đoàn Cường. Năm 2010, gồm Nguyễn Công Nhân (Tổ trưởng), Đặng Đức Châu, Bùi Ngọc Thư, Phan Minh Hiếu và Đoàn Cường.

Trên cơ sở thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, tổ chuyên gia đã tiến hành các hoạt động đấu thầu như: Xây dựng danh mục chi tiết thuốc đấu thầu, kế hoạch đấu thầu, hồ sơ mời thầu… để trình Sở kế hoạch và Đầu tư tỉnh Gia Lai thẩm định rồi trình Ủy ban nhân dân tỉnh phê duyệt. Từ đó, trên cơ sở kết quả phê duyệt của UBND tỉnh Gia Lai, tổ chuyên gia tiến hành triển khai hoạt động xét thầu.

Căn cứ theo kết luận giám định lại số 1485/KL-BYT của Hội đồng giám định Bộ Y tế và Kết luận số 01/GĐV-TC của giám định viên tài chính, các bị can trong Tổ chuyên gia đấu thầu đã có hành vi xét thầu sai, gây thiệt hại cho tài chính Nhà nước hơn 6,1 tỷ đồng.

Hành vi xét thầu sai lần thứ nhất gồm 8 mặt hàng có đầy đủ các tiêu chí theo quy định tại hồ sơ mời thầu nhưng bị loại, thay vào đó có 8 mặt hàng thuốc dự thầu khác có giá chào thầu cao hơn lại được trúng thầu.

Trong đó, có 1 mặt hàng không ký kết hợp đồng mua thuốc nên xác định còn 7 mặt hàng có giá chào thầu cao hơn được trúng thầu, gây thiệt hại cho tài sản của Nhà nước gần 5 tỷ đồng.

Hành vi xét thầu sai phạm thứ hai gồm 7 mặt hàng thuốc dự thầu sai nơi sản xuất. Nếu đúng nguyên tắc sẽ phải loại ngay không xét tiếp nhưng các bị can lại cho xét đạt rồi trúng thầu. Hành vi này, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước trên 1 tỷ đồng.

Hội đồng xét xử cũng đã làm rõ trách nhiệm đối với bị cáo Phùng Xuân Quýnh vào năm 2009 và 2010 đã ủy quyền cho bị cáo Nguyễn Công Nhân thực hiện toàn bộ nhiệm vụ tổ chức đấu thầu nên Quýnh không phải chịu trách nhiệm hình sự về thiệt hại về hành vi xét thầu sai năm 2009 và 2010.

Vì vậy, nguyên Giám đốc Sở Y tế chỉ phải chịu trách nhiệm về các sai phạm trong năm 2008 với số tiền hơn 400 triệu đồng.