Theo HĐXX sơ thẩm, từ tháng 11/2012 đến tháng 1/2013, các bị cáo Phạm Đình Cự (thời điểm đó là Chủ tịch UBND tỉnh) và Đỗ Duy Vinh (thời điểm đó là Giám đốc Sở Tài chính tỉnh Phú Yên), biết thửa đất số 76, tờ bản đồ số 8, diện tích 1.183m2 (thuộc ô phố A2, đường Hùng Vương, Phường 6, thành phố Tuy Hòa), được UBND tỉnh Phú Yên giao cho Công ty Pymepharco để thực hiện dự án Trung tâm kinh doanh dược, mỹ phẩm và dịch vụ y tế Phú Yên, nhưng Công ty Pymepharco không triển khai dự án, thuộc trường hợp phải thu hồi đất. Tuy nhiên, hai bị cáo Phạm Đình Cự, Đỗ Duy Vinh vẫn làm các thủ tục cho Công ty Pymepharco chuyển nhượng quyền sử dụng đất của thửa đất này cho một Ngân hàng có Chi nhánh Phú Yên, để xây dựng trụ sở không đúng quy định của pháp luật, gây thất thoát tài sản Nhà nước hơn 10,1 tỷ đồng.

Hành vi trên đã xâm phạm đến chính sách quản lý đất đai và hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước về quản lý, sử dụng tài sản công, nên cần xử phạt tương xứng với tính chất, mức độ, hậu quả do hành vi phạm tội mà các bị cáo gây ra.

Tuy nhiên, trong quá trình điều tra cũng như tại phiên tòa, các bị cáo luôn thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải; mặt khác vụ án xảy ra đã lâu, trước khi khởi tố vụ án, khởi tố bị can, hai bị cáo đã tích cực tác động Công ty Pymephaco và trực tiếp khắc phục toàn bộ số tiền thất thoát cho Nhà nước.

Từ những phân tích nói trên, HĐXX sơ thẩm đã áp dụng Khoản 1 Điều 54 Bộ luật Hình sự để quyết định một hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt được áp dụng, nhưng trong khung hình phạt liền kề nhẹ hơn và mức hình phạt ngang bằng nhau. Cụ thể, HĐXX tuyên phạt  bị cáo Phạm Đình Cự và Đỗ Duy Vinh 3 năm tù (cho hưởng án treo), thời gian thử thách là 5 năm tính từ ngày tuyên án sơ thẩm.