Hiện tại, các cá nhân, tổ chức không ký hợp đồng hoặc ký hợp đồng dưới ba tháng nếu có thu nhập từ 2 triệu đồng trở lên sẽ phải đóng thuế thu nhập vãng lai 10%. Với một địa bàn có nhiều người là chuyên gia, làm nhiều công việc như TPHCM cũng như tình hình thời giá hiện tại thì con số 2 triệu đồng này (dù đã tăng gấp 4 lần, từ 500.000 đồng lên 2 triệu đồng khi sửa Luật Thuế thu nhập cá nhân) vẫn thấp. 

Đây là nguyên nhân chính khiến số lượng hồ sơ đề nghị hoàn thuế (sau khi đã cộng dồn với các khoản thu khác, tính giảm trừ gia cảnh...) ngày càng tăng. Số lượng hồ sơ hoàn thuế ngày càng tăng, một phần do ý thức thực hiện các nghĩa vụ liên quan đến thu nhập cá nhân của người dân ngày càng tăng. 

Phần còn lại là do chính sách thuế chưa thay đổi. Trong đó, đáng kể nhất là quy định về khấu trừ 10% với khoản thu nhập vãng lai (thu nhập ở nơi không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng dưới 3 tháng) từ 2 triệu đồng/lần trở lên. 63% trong số hồ sơ hoàn thuế của năm 2017 có số tiền hoàn dưới 5 triệu đồng. Trong số này, có không ít là hồ sơ hoàn từ vài chục đến vài trăm ngàn. 

Có ý kiến cho rằng, việc Bộ Tài chính áp dụng mức cố định khấu trừ chi phí cho bản thân và người phụ thuộc cho tất cả mọi người dân là chưa phù hợp với thực tế. 

Và mỗi bộ hồ sơ hoàn thuế tốn không ít thời gian làm việc với khoảng 13 chữ ký “sống” của cán bộ thực thi. Tuy nhiên, con số này đã gây quá tải cho lực lượng chức năng do người nộp thuế thường tập trung vào thời điểm cuối tháng 3 hàng năm. Đồng thời, số thuế nộp thêm hay hoàn thường nhỏ nhưng hai bên vẫn phải thực hiện đầy đủ các thủ tục, quy trình phức tạp liên quan đến thu ngân sách nhà nước. Chính vì vậy, ngành thuế đã khiến nghị bỏ quyết toán thuế. Trong trường hợp này, người có thu nhập từ tiền công tiền lương sẽ được tổ chức chi trả tự tính toán dựa trên tổng thu nhập cả năm. 

Còn với người có thu nhập nhiều nơi thì tính thuế hàng tháng theo biểu thuế lũy tiến tại từng nơi. Ngưỡng chịu thuế với khoản thu nhập vãng lai cũng tăng lên mức 5 triệu đồng/lần chi trả, thay vì 2 triệu đồng bị tính thuế 10% như hiện tại … Theo quy định, cá nhân có thu nhập thường xuyên tại một nơi có thể ủy quyền cơ quan chi trả quyết toán thuế thay. Trường hợp, cá nhân vừa có thu nhập thường xuyên, vừa có thu nhập vãng lai cũng không phải tự quyết toán phần thu nhập vãng lai nếu không có nhu cầu trong trường hợp phần thu nhập vãng lai dưới 10 triệu đồng/tháng (tổng cộng dưới 120 triệu đồng/năm) và cơ quan chi trả thu nhập đã khấu trừ 10% trước khi chi trả thu nhập để nộp thay vào ngân sách nhà nước. 

Cá nhân có thu nhập thường xuyên, đã ủy quyền cho cơ quan chi trả thu nhập quyết toán thuế nhưng có thu nhập vãng lai trên 10 triệu đồng/tháng (tổng cộng trên 120 triệu đồng/năm), đã được đơn vị chi trả thu nhập khấu trừ 10% mỗi lần chi trả hoặc không khấu trừ, khấu trừ không đủ số thuế mà cá nhân phải nộp, thì sau một thời gian, cơ quan thuế sẽ mời cá nhân lên làm việc, đề nghị giải trình, bổ sung thông tin liên quan đến thu nhập, số thuế đã nộp. Từ đó, cơ quan thuế tính ra số thuế còn phải nộp, gồm cả tiền chậm nộp, chứ không phải cá nhân đóng thuế 2 lần đối với một khoản thu nhập. 

Trước hết, cá nhân phải nộp tiền chậm nộp là do chủ quan vì cho rằng, phần thu nhập thường xuyên đã ủy quyền cho cơ quan chi trả thu nhập quyết toán, trong khi phần thu nhập vãng lai đã được cơ quan chi trả khấu trừ đủ 10%. Nguyên nhân nữa, khi quyết toán thuế (hạn cuối cùng là ngày 31/3 năm sau), doanh nghiệp không thống kê toàn bộ chi phí trong năm, nhiều khoản chi trả cho cá nhân không được thống kê đầy đủ, bởi vì với doanh nghiệp, khoản chi đó quá nhỏ so với các khoản chi khác. 

Sau một thời gian, sau khi quyết toán thuế, doanh nghiệp mới rà soát lại toàn bộ các khoản chi trong năm cũ, trong đó có chi trả cho cá nhân vãng lai và gửi quyết toán thuế bổ sung đến cơ quan thuế. Căn cứ vào dữ liệu doanh nghiệp gửi đến, cơ quan thuế tính lại số thuế của cá nhân đã được chi trả thu nhập vãng lai xem có phải nộp thêm thuế hay không. Trong trường hợp phải nộp thêm, thì ngoài số tiền truy thu thuế, cá nhân còn phải nộp tiền chậm nộp. 

Do đó, nhiều người cho rằng cơ quan thuế truy thu thuế thu nhập cá nhân hai lần là chưa đúng.“Không bao giờ có tình trạng cá nhân phải đóng thuế 2 lần đối với một khoản thu nhập”, ông Nguyễn Văn Phụng, Vụ trưởng Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn (Tổng cục Thuế) khẳng định. Đến thời điểm hiện tại, dự án sửa đổi luật, trong đó có Luật Thuế thu nhập cá nhân với những sửa đổi kể trên vẫn đang trong giai đoạn trình các cấp có thẩm quyền./.